Efectivamente, si sigo las indicaciones de la página:
http://www.nobel-joergensen.com/roller/java/entry/profiling_javafx_rendering
veo que la aplicación que nos propone funciona mucho mejor. ¿Pero y el resto de las aplicaciones que ya tengamos funcionando? ¿puede ser esta la causa de que no tenga buen comportamiento mi botón negro?
¿Qué es SceneGraph?, ¿qué tiene que ver con todo ésto?. Esta tecnología se ha incorporado al API de JavaFX recientemente. SceneGraph no sólo se utiliza con JavaFX, también se utiliza con Swing.